ATAC-seq零踩坑手册

很多人能跑通 ATAC-seq，却说不清为什么 QC 曲线“看起来不对”。这本手册不教你写更花哨的代码，而是带你回到实验与方法学的源头，理解每一个分析步骤背后的科学逻辑。在染色质的“无人区”里，我们不做跟跑者，而是绘制自己的地图。

作者

Johnson

发布于

2025年10月8日

1 序言｜在染色质的“无人区”导航，你需要一张思维地图

你一定见过那种漂亮得近乎“教科书级”的 ATAC-seq 信号图：TSS 附近干净利落的峰形、FRiP 高得不真实的比例、聚类图清晰分明，仿佛整个染色质景观一览无余。

可当你用相同的 pipeline 处理自己的数据时，TSS enrichment 曲线不再优雅，峰的分布变得模糊，QC 指标也说不出“哪里不好”，只是“感觉不对”。你翻遍文献，查遍 GitHub issue，也只是找到更多“能跑通”的代码，却没有任何一份能解释“为什么这里错了”。

这种无力感，其实不是你的问题。 ATAC-seq 分析本质上并不是“信号峰的描摹”，而是对染色质动力学的间接重建。很多人在不知不觉间，只学会了“如何跑”，却从未真正理解“自己跑在什么地形上”。

这本《ATAC-seq 零踩坑手册》的目标，不是再给你一条“更精准的分析路线”，而是帮你构建一张可以自己判断方向的思维地图。

我们不只是复现结果，而是要在这片染色质“无人区”里，知道每一个分析步骤背后的科学理由。

回到实验设计与分子原理 你会理解为什么一个好样本的 TSS enrichment 曲线，几乎是一份实验质量的“心电图”；为什么 peak calling 不是为了“挖到越多越好”，而是在信息与噪音之间划一条科学的边界。
拆解方法学的分叉口 你会明白 scATAC-seq 的稀疏度并非“技术缺陷”，而是数据本性；为什么 TF-IDF + LSI 在稀疏矩阵上比 PCA 更有解释力；为什么过度校正批次效应可能抹去真正的信号。
识别看不见的陷阱 我会告诉你为什么“最近基因注释”在 ATAC-seq 世界里是最常见的误导之一——远端增强子和拓扑结构单元（TAD）会悄悄重写调控逻辑，而你若只依赖线性距离，就注定错过故事的主线。

ATAC-seq 的分析没有标准答案。你将不断面对这样的两难：

我的目标，是帮你清楚地看到每一个选择背后的逻辑，不再盲跑。

当这趟旅程结束时，你手上不再只是一份 pipeline，而是一张内化于心的分析地图。

你将能够：

我是 Johnson。这一段旅程，不是“教你怎么跑”，而是让你在染色质的“无人区”里，也能独立站在自己的科学坐标上。

现在，让我们开始绘制地图。